En keltisk stamme, der kom fra Vesteuropa slog sig i perioden fra 500-100 f.v.t. ned i det område, der i dag kendes som Slovakiet. Dette strategiske område midt i Europa var allerede før besat af forskellige mindre stammer, hvad utallige arkeologiske fund viser.

Den slaviske stamme etablerede sig i området fra 6. og 7. århundrede. De blev hurtigt tvunget til at forsvare sig mod nomadestammen avarerne, indtil den frankiske købmand – Samo forenede de slaviske stammer. ‘Samova Ríša’ – ‘Samos Kongeriget’ blev til den første slaviske stat, men varede kun kort tid.

Med hjælp fra den frankiske konge Karl den Store, der ønskede at udvide sit imperium over Bøhmen og Mahren, Det Stormæhriske Rige var oprettet, det spiller en vigtig rolle i Slovakiets historie indtil i dag. Det Stormæhriske Rige omfattede Mahren, og dele af Bøhmen og Slovakiet. Mahrens første monark Mojmir den I allierede med Karl den Store regerede fra 830-846. Hans efterfølger Rastislav prøvede at gøre sig uafhængig af Det frankiske imperium og søgte forbindelselserne i Byzans: på hans opfordring kom to munke fra Thessaloniki Konstantin og Metod. Munkene oversatte evangelierne og udformede det første slaviske alfabet. I Slovakiet Borgen Devin og byen Nitra var de største kulturelle centre indenfor riget. Den lovende udvikling af en selvstændig slavisk stat var afbrudt af den tredje efterfølger Svatopluk, der tvag Metod og hans elever til af flygte fra landet. Rigets sammenbrud kom i 906.

Efter slaget blev området af det nuværende Slovakiet besat af ungarere og Det ungarske Rige var oprettet. Siden dengang forblev Slovakiet for næsten 1000 år underlagt Ungarn. Slovakiet blev til et landbrugsland i udkanten af riget, magten lå i hænderne på nogle få ungarske adelslægter. Rigets største centre var Budin og Budapest. Bratislava /Pressburg/ var dengang kun en mindre provinsby i Wiens skygge.

Rige fund af guld, sølv og kobber i Midtslovakiet i 1300-tallet førte til opblomstring af minebyerne Banská Bystrica, Banská Štiavnica og Kremnica. Området var Europas største eksportør af kobber. Udvinding blev kontrolleret af flere rige tyske familier, der havde bosat sig her.

I det 16. århundrede voksede tyrkiske trussel i hele Europa, tyrkiske hære besatte det meste af Det Ungarske Rige. Derfor blev Bratislava under krigen mellem årene 1531 og 1783 rigets hovedstad og samtidig en kroningsby. Det hjalp flere byer at opnå økonomisk og kultur betydning.

I 1526 i Bratislava blev det første medlem af den østrigske adelsfamilie Habsburg udvalgt for at regere Det Ungarske Rige. Habsburg familie regerede en lang tid indtil den første verdenskrig i 1918. Kejserinde Maria Theresia og hendes søn Josef II. ophævede livegenskabet og tillod religionsfrihed, men slovakkerne forblev fattige og afhængige af godsejerne, der havde udnyttet dem hensynsløst.

I 1867 et dobbeltmonarki var grundlagt under navnet Østrig-Ungarn, men Slovakiet forblev underlagt Ungarn. Heldigvis den nationalistiske feber, der hærgede Europa i 19. århundrede ramte ogsa slovakkerne. Slovakkerne, selv om de var en lang tid undertrykket opretholdt sin egen kultur, eget sprog og de mistede ikke forbindelsen til tjekkerne. Mange lærde slovakkerne studerede på Universitetet i Prag.

De ungarske myndigheder prøvede meget stærkt at udslette den slovakiske kultur, det ungarske sprog blev til et national sprog, slovakiske skoler blev lukket. De slovakiske nationalister som Ludovít Štúr kom i åben konflikt med ungarerne. I løbet af denne periode overtog slovakkerne kontrollen med de videregående uddannelser og grundlagde den første videnskabelige institution, Den Slovakiske Fond i Martin – Matica slovenská.

Med udbruddet af Den første Verdenskrig fik slovakkerne mulighed for at tilslutte sig tjekkere. I 1915 indgik Den tjekkiske Alliance og Den slovakiske Liga en aftale, hvori man proklamerede frihed for de to stater, en føderation med fuld autonomi, eget parlament og egen forfatning. I 1918 republikken Tjekkoslovakiet var grundlagt med Prag som hovedstad, ledet af Tomáš G. Masaryk som president.
Men slovakkerne følte sig snart som et mindretal i en fælles stat med tjekkere, krævet på egne selvstyre voksede og i 1938 Slovakisk selvstændig republik var udråbet med Jozef Tiso som president. Under krigen takket være Tiso var Slovakiet en tysk lydstat, som underlagde sig Hitler.

I august 1944 udbrød den slovakiske nationale modstandbevaegelse i Banská Bystrica, men var snart undertrykket af Tiso og tyskerne. Men i efteråret det samme år kom sovjetiske tropper og befriede landet i foråret 1945. Tiso var henrettet og Tjekkoslovakiet igen genoprettet.

Fra 1948 indtil Fløjsrevolution i 1989 overtog kommunisterne magten. Situationen i landet blev lidt mere afslappet i 1960-erne, presse, tale og forsamligsfrihed var tilladt. Liberaliseringsperioden opkaldt ‘Foråret i Prag’ var forbindet med Alexander Dubčeks navn, en slovakisk kommunistisk partileder, der fremlagde også en plan for et føderalt system baseret på to ligeværdige stater. Nye tider og håber blev standset af sovjetiske invasion i august 1968, efter det, under normaliselingsperioden blev kommunismen igen strængere.

Efter Fløjsrevolution i 1989 dukkede igen den ‘slovakiske selvstændighed’ op. Personen bag opsplitningen af den gamle republik var Vladimír Mečiar, leder af Den slovakiske Demokratibevægelse – HZDS. Siden den 1. januar 1993 blev Tjekkoslovakiet splittet i to selvstændige republikker. Den nye president var Michal Kováč, og den omdiskuteret Vladimír Mečiar blev til premierminister.
Ved valget i 1998 fik magten en højre politiskparti under ledelse af Mikuláš Dzurinda, der blev til statsministren. Slovakiet kom i 2002 ved EU topmødet i København med i den første optagelsesrunde og vi er i EU siden maj 2004.

Den nuværende president er Zuzana Caputova.