Nyky-slovakian alueen asuttivat 500-100-luvuilla ekr. Länsi-Euroopasta muuttaneet kelttiläiset heimot. Tätä Stategisesti tärkeää Euroopan osaa olivat jo aiemmin asuttaneet monet pienemmät heimot, joista lukemattomat argeologiset löydökset ovat todisteina.
Ensimmäiset slaavialiset heimot asettuivat alueelle kansainvaellusaikaan 500- ja 600-lukujen tienoilla. Uudisasukkaat joutuivat jatkuvasti puolustautumaan paimentolaisheimoja, avaareja, vastaan, kunnes ranskalainen kauppias kokosi kansan ensimmäisen kerran valtakunnaksi. Syntyi ensimmäinen slaavilainen valtio, Samon kuningaskunta, Joka ei kuitenkaan kauan kestänyt.
Kaarle Suuri tarvitsi itäistä tukea kamppaillessaan Böömin ruhtinaskunnasta. Hänen tuellaan muodostettiin Suurmäärin valtakunta, joka käsitti Määrin sekä osia Böömistä ja Slovakiasta. Kaarle suurn kanssa liittoutunut Määrin ensimmäinen kuningas Mojmir I hallitsi 830-846.
Mojmirin seuraaja Rastislav pyrki riippumatomuuteen Frankkien Valtakunnasta ja etsi liittolaista Bysantista. Ratislavia seurasi Thessalonikista kaksi munkkia Kyrilius ja metodius, jotka käänsivät evankeliumin kirkkoslaaviksi ja muotoilivat ensimmäiset kyrilliset kirjaimet. Valtakunnan aikaan Slovakian suurimmat kultturikeskukset olivat Devinin linna ja Nitran kaupunki. Ensimmäisen itsenäisen slaavivaltion lupaava kehitys katkesi, kun seuraava hallitsija Svatopluk karkoitti Metodiuksen seuraajineen maasta. Valtakunta romahti 906.
Tämän jälkeen alue ajautui Unkarin vallan alle lähes tuhanneksi vuodeksi. Slovakiasta tuli Unkarin syrjäistä maaseutua, jossa valta oli muutamien unkarilaisten aatelissukujen käsissä. Valtakunnan keskus oli Budapest ja Bratislava (tai silloinen Presburg) oli vain etäinen provinssikaupunki.
Runsaiden kulta- kupari- ja hopealöydösten turvin Keski-Slovakian kaivoskaupungit Banska Bystrica, Banska Stiavnica ja Kremnica alkoivat kukoistaa 1300-luvulla. Alue oli Euroopan suurin kuparin kuparin tuottaja. Toimintaa kehittämään kutsuttiin rikkaita kaivosmiehiä Saksasta, jotka perheineen jäivätkin kaupunkeihin pysyvästi.
Turkkilaisuhan kasvaessa 1500-luvulla etenkin Unkari joutui hyökkäysten kohteeksi. Siksipä Bratislavasta tuli pääkaupunki vuosiksi 1531-1783 Budapestin ollessa turkkilaisten miehittämä. Tuo jakso oli Bratislavan kukoistavinta aikaa.
Bratislavassa 1526 ensimmäinen Habsburg-sukuinen hallitsija valittiin Unkarin kuninkaaksi. Habsburgit hallitsivat Itävalta-Unkaria ensimmäisen maailmansodan loppuun asti 1918. Keisarinna Maria Theresia ja hänen poikansa Joosef II edistivät elinkeinoelämää ja uskonnonvapautta mutta slovakit köyhtyivät ja velkaantuivat porvareille, jotka riistivät heitä silmittömästi.
Slovakian unkarilaisajan lopulla, 1800-luvulla, Eurooppaa villitsi kansallinen herääminen, joka vaikutti myös slovakeihin. Koska maan kieli- ja kulttuurielämä oli ahdingossa monet opiskelivat Prahan yliopistoissa ja yhteys Tsekkiin oli vahva.
Unkarin viranomaiset yrittivät voimakeinoin alistaa slovakialaista kulttuuria. Unkarista tuli kansalliskieli ja slovakialaisia kouluja suljettiin. Slovakkinationalistit, kuten ludovit Stur ajautuivat avoimeen konfliktiin unkarilaisten kanssa. Tuona aikan Slovakialaiset alkoivat kontrolloida korkeampaa koulutusta ja perustettiin ensimmäinen tiedelaitos: Matica Slovenska
Ensimmäisen maailmansodan myötä slovakeille ja Tsekeille syntyi vielä laajempi yhteisymmärräys. Tsekin allianssi ja slovagialainen liiga sopivat 1915 vaatimuksista molempien maiden vapaudesta, autonomiasta, omasta parlamentista ja sotalaitoksesta. Vuonna 1918 perustettiin Tsekkoslovakian tasavalta, jonka pääkaupungiksi tuli Praha ja ensimmäiseksi Presidentiksi professori Tomas G. Masaryk.
Uusi valtio oli teollisen kehityksen ja monipuoluedemokratian esimerkkimaa maailmansotien välisenä aikana. Slovakia ei kuitenkaan kehittynyt samalla nopeudella maan länsiosien kanssa ja tyytymättömyyttä Prahan hallintoon ilmeni. Saksalaisten miehitettyä maan Böömin ja Määrin 1938 Slovakia julistautui itsenäiseksi tasavallaksi johtajanaan fasistimielinen teologi Jozef Tiso. Sodan aikana Slovakia oli Saksan dominoima vasallimaa.
Elokuussa 1944 alkoi Banska Bystrican kaupungissa fasistien vastainen Slovakian kansannousu, jonka saksalaisjoukot kuitenkin nopeasti lannistivat. Myöhemmin samana vuonna puna-armeija saavutti itärintamalla Slovakian rajan ja saksalaisista oli päästy eroon keväällä 1945. Tämän jälkeen Tsekkoslovakia perustettiin uudelleen.
Aina vuodesta 1948 vuoden 1989 samettivallankumoukseen asti Tsekkoslovakiassa vallassa olivat kommunistit. Tilanne maassa helpottui hieman 1960-luvulla, kun lehdistön-, sanan- ja kokoontumisvapautta laajennettiin. Prahan kevääksi kutsuttuna ajanjaksona uudistusten keulakuvana oli Alexander Dubcek, slovakialainen kommunistisen puolueen johtaja, joka loi myös uuden tasa-arvoisemman liittovaltiojärjestelmän. Haaveet romahtivat kuitenkin Varsovan liiton joukkojen miehittäessä maan elokuussa 1968. Tämän jälkeen ns. normalisaation aikana reaalisosialismi jatkui valtiomallina.
Vuoden 1989 “samettivallankumouksen” jälkeen pintaan nousi jälleen kysymys Slovakian itsenäisyydestä. Mies tasavallan jaon takana oli Slovakian demokratiaherätyksen, HZDS:n johtaja Vladimir Meciar. Tammikuun ensimmäisestä 1993 lähtien Tsekkoslovakia jaettiin kahdeksi itsenäiseksi tasavallaksi, Tsekiksi ja Slovakiaksi. Slovakian Presidentiksi tuli Michal Kovac ja pääministeriksi ristiriitainen hahmo Vladimir Meciar.
Vuoden 1998 vaaleissa valtaan tuli oikeisto ja pääministeriksi lujaotteinen uudistaja Mikulas Dzurinda. Vuonna 2004 maasta tuli Euroopan Unionin jäsen. Nykyinen pääministeri on Robert Fico ja presidentti Ivan Gasparovic.