Byens historie går helt tilbage til den yngre stenalder. Senere var området besat af keltiske stammer og romerske befolkninger, især fordi Bratislava dengang lå ved et vigtigt vejkryds af store handelsveje og udgjorde den øverste grænse af Det Romerske Rige. Byen og borgen blev først nævnt i krønikerne i 910, dengang var Slovakiet en del af Det Stormæhriske Rige, men kort efter kom dets sammenbrud.
Fra 10. århundrede blev Slovakiet i næsten tusind år underlagt Ungarn og Bratislava blev et grænsefort for Det ungarske kongerige. I løbet af 12. århundrede blev der bygget flere fæstninger, hvilket betød ,at byen fik en strategisk betydning.
Efter, at kong Ondrej III. havde givet Bratislava sine byrettigheder i 1291, fik byen i løbet af de næste to århundreder ret til at støbe mønter og bruge sit våbenskjold. I 1526 blev i Bratislava udvalgt det første medlem af østrigs adelsfamilie Habsburg til at regere Det Ungarske Rige. I den samme tid plyndrede tyrkiske hære i hele Europa og på grund af denne tyrkiske trussel blev byen i 1531 hovedstaden for Det ungarske kongerige og det blev den ved med at være op til 1783. Byen oplevede et byggeboom og økonomisk opblomstring, de gamle bymure var revet ned, så byen kunne vokse frit frem.
Efter dannelsen af Tjekkoslovakiet i 1918 begyndte byen for alvor at vokse fra at være en stille provinsby. I 1938 voksede kravet om slovakisk selvstyre og en selvstændig republik blev grundlagt med Bratislava som hovedstad. I den kommunistiske periode fra 1948 op til Fløjlsrevolutionen i 1989 stod Bratislava som "den anden by" i Prags skygge. Siden 1993 da Den Slovakiske selvstændige Republik blev udråbt har byen udviklet sig til en moderne by med 450.000 indbyggere. Byen er en af Europas yngste hovedstæder.
Interessant er, at byen i historien har haft forskellige navne: Preslavasburg, Pressburg, Presporok, Poszony, Wilsonovo, Istropolis og siden 1919 er det officiele navn Bratislava (et slavisk pigenavn). Men helt op til i dag kan man ofte se betegnelsen “Pressburg” på vejskilte, især i Ungarn, eller også i Østrig.